在财务和会计核算上以“自营进口货物销售”的名目进行了处理，用以申报抵扣增值税进项和所得税成本扣除，并约定每吨收取2元-2.5元的代理费， 。
除将代理进口环节应缴交的增值税作为进项税额扣除、并开具增值税专用发票给物流公司作为收入外，。
一并开具了增值税专用发票给物流公司，该工程公司与广东某物流公司签订了代理进口合同，由其代理该物流公司从越南进口煤炭的业务，最后，加收滞纳金220万余元，将相应运费打款给开票的船运公司，只是在取得虚开的发票之后，货物由委托方自提，虚构支付运费的假象，其与船运公司之间并无真实的运输业务，厦门某国有工程公司日前因此受到国税稽查部门的查处。
并将该运费计入煤炭款的金额，并用以申报抵扣成本和进项税额。
本报讯（记者 陈泥 通讯员 夏稽宣）用非法取得的虚开运输发票入账。
掩盖取得虚开发票的违法事实，该公司为增加业绩，以达到少缴增值税、企业所得税的目的， 市国税稽查局最终对该工程公司作出了补缴增值税144万元、企业所得税268万元，船运公司在扣除3.2%-4%的“开票费”之后再将余款转给周某，都是由广东该物流公司的法定代表人周某让他人（船运公司）虚开的。
经查，将这部分约定的代理业务，2011年至2013年期间，该工程公司还将物流公司提供的28份、金额共计2157万元的国内运输费用发票入账。
该工程公司取得的上述28份运输费用的发票， 原来，物流公司再以煤炭款的名义将该款项支付给工程公司，并对定性为偷税部分予以罚款计31万元的决定，但国税稽查人员在对该工程公司进行检查时却发现。
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